En el partido de vuelta en Santiago, camiseta arsenal los hidalguenses mostraron su buen fútbol. Los Tuzos del Pachuca llegarían a la final del fútbol mexicano nuevamente, enfrentando al América; llegaron a esta instancia enfrentando previamente a Santos Laguna, equipo al que eliminarían por mejor posición en la tabla general después de un marcador de 2-2 en el global; después en semifinales derrotarían al Cruz Azul en el partido de ida 3-1; el partido de vuelta no se celebró, ya que los cementeros quedarían eliminados automáticamente, pues Salvador Carmona se administró sustancias prohibidas nuevamente desde el incidente con la Selección Mexicana en la Copa FIFA Confederaciones del 2005 celebrada en Alemania, por lo cual el Pachuca accedió directamente a su sexta final contra el América. En el Torneo Apertura 2003 fue contratado Víctor Manuel Vucetich como entrenador, el equipo reforzó su plantel con el regreso de Octavio Valdez de Toluca, el colombiano John Harold Lozano, Marinho Ledezma de Cruz Azul, el uruguayo Gabriel Alves, regresaron Gabriel Caballero de Atlas, Claudio Da Silva de Colibríes y Manuel Vidrio sin mucha fortuna del Osasuna de España, y la contratación más importante con Adolfo Bautista de Morelia, a quien no le agradó ser adquirido en el draft por Pachuca, pues él esperaba ser contratado por un club más importante y propicio que durante el torneo tuviera escasa actividad.
En la liguilla, en los cuartos de final, enfrentaría a Monarcas Morelia, conjunto que vencería a los «Tuzos» en el partido de ida por 2-1. El Pachuca, en el partido de vuelta, remontó para terminar la eliminatoria con 4-3 en su favor. En el camino derrotó en octavos de final a Defence Force FC de Trinidad y Tobago por un marcador global de 4-1; en cuartos de final a Earthquakes de San José de Estados Unidos por marcador agregado de 3-1; en semifinales a la Liga Deportiva Alajuelense de Costa Rica por 3-1 agregado, y en la final contra a Monarcas Morelia (serie de un solo partido) en el estadio azul, ganado Pachuca 1-0 con gol del argentino Walter Silvani. En semifinales vencieron al Atlético Paranaense de Brasil por marcador agregado de 5:1. Para la ida, los tuzos lograron obtener la victoria en Curitibia por marcador de 1:0. Finalmente culminaron el pase a la gran final con un 4:1 contundente. En el partido de vuelta en el Estadio Hidalgo, el Pachuca, con un penal polémico a favor en el segundo tiempo, convertido en gol por parte de Richard Núñez, le dio al Pachuca el 1:0 definitivo y su cuarto título en la historia del club.
Aun así, los tuzos tuvieron un buen segundo tiempo, donde consiguieron dos anotaciones valiosas para el título, obtenidas por Christian Giménez y Gabriel Caballero. 0:2 a favor de Egipto, dejando a Sudáfrica en segundo lugar. Los «Tuzos» tuvieron un repunte importante con 10 triunfos, 6 empates y 3 derrotas, para conseguir el tercer lugar general y primer lugar del grupo uno con 36 puntos, en liguilla en cuartos de final contra Necaxa con disputado 4-3 global, ganado el de ida 3-1; goles de Manuel Vidrio, Santana y Ledezma; por los rayos anotó Ángel Sosa; el de vuelta Necaxa ganó 2-1 con goles de Braulio Luna, descontando Claudio Da Silva. Al final mejoran aún más sus números con 32 puntos y el tercer lugar de 19 equipos producto de 9 triunfos, 5 empates y 4 derrotas, 29 goles a favor por 24 en contra. En la temporada hubo una leve mejoría al concluir con 21 puntos, ubicándose en el lugar 14 de 20 equipos; en la fecha 1 venció 2-1 a América; ganó 4 juegos más y acumuló 7 empates; Juan Arango anotó 7 goles, siendo el mejor, y Müller 6 goles. Ya en la temporada inició ganando contra América 3-2 de local; después derrotó a Puebla 2-0, empató 1-1 contra Tigres y venció 3-2 a Tiburones Freseros, por lo que tuvo un excelente inicio, pero luego pierde 3-1 ante Atlas y cae en una mala racha debido a lesiones de Silvani y Calero, que se agudizó después de ganar 2-1 a León de local en la jornada 9, ya solo salvó 5 puntos de 27 posibles, consiguiendo en total 22 puntos, que lo marginaron de la liguilla.
En el Torneo Clausura 2004, con la salida de Adolfo Bautista a Guadalajara, como única novedad, en el torneo evidentemente se desmejoró al conseguir 26 puntos, ubicándose como 8.o lugar; enfrentó a Cruz Azul en reclasificación y perdió ambos duelos 1-2 la ida y 0-2 la vuelta. Este año directivos del club encabezados por Jesús Martínez abren la primera etapa de la Universidad del Fútbol y Ciencias del Deporte, y celebra su centenario en noviembre, donde en la fecha 14, previo al juego contra Guadalajara, se utiliza por única ocasión el primer uniforme alusivo del primer equipo hidalguense, en ese juego ganó 2-0 y le quitó una racha de 14 fechas sin perder al rebaño. Inició de nuevo contra el campeón América la fecha 1 con derrota de 0-3 e hilvanó 7 jornadas consecutivas sin ganar, hasta que derrotó de visitante 4-2 a San Luis; dos fechas más derrota 2-0 a Necaxa y las últimas 9 fechas solo rescató 5 puntos de 27 posibles, quedándose entonces en el último lugar general con 15 puntos; los delanteros más rentables fueron Juan Arango con 5 goles y Sergio Santana con 6. Entre cosas curiosas esta temporada Miguel Calero marcó un gol (en remate de cabeza con todo y gorra) para salvar un empate a 3 contra Chiapas en la fecha 2, y Walter Silvani que fue el referente del gol un año atrás esta campaña entre lesiones y bajas de juego solo marcó dos veces, motivo por el cual fue dado de baja.
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