Junto a él, los albos volvieron dar la nota alta en el fútbol chileno, llevando por primera vez a Colo-Colo, a adjudicarse un tetracampeonato nacional, entre las temporadas de 2006 y de 2007, siendo el primer equipo en el profesionalismo, argentina camiseta en alcanzar tal logro. Un triunfo por 1-0 ante Unión La Calera, con penal convertido por Gustavo Canales al minuto 88 y la derrota de Colo-Colo por 2-0 a manos de Santiago Wanderers, le dieron el decimoséptimo título nacional, a la Universidad de Chile. En el Torneo de Apertura 2015, Colo-Colo se coronó campeón por 31.ª vez en su historia, pese a que no jugó su partido como visitante ante Santiago Wanderers (cuyo partido se jugó posteriormente sin público, perdiendo por 2-1), debido a los graves incidentes, provocados por los hinchas «albos» y «caturros», cuyos incidentes se iniciaron en las calles de Valparaíso y que posteriormente, se trasladaron al Estadio Elías Figueroa Brander. En la temporada 2011 se recuperó el sistema de play offs y bajo este formato, Universidad Católica nuevamente llegó a una final, esta vez frente a la Universidad de Chile, en el Torneo de Apertura de ese año.
Derrotó por 2:1 a Audax Italiano y obtuvo 29 puntos, uno más que su perseguidor más cercano, Colo-Colo y por dos sobre O’Higgins (que había llegado como puntero a la última fecha). El descenso del cuadro de Calama, fue finalmente por secretaría, luego de que la ANFP, restara 3 puntos a Cobreloa, luego de que Audax Italiano y Ñublense (equipo que también descendió, aparte de los loínos y Barnechea), acusaron a los loínos, de usar a Alejandro Hisis, como miembro de su cuerpo técnico (él arrancó ese torneo, como miembro del cuerpo técnico, del equipo de Chillán). En el Torneo de Apertura 2004, Universidad de Chile que era dirigida por Héctor Pinto, volvió a la cima y se proclamó campeón, en una reñida campaña, en la cual terminó derrotando en definición a penales a Cobreloa en Calama, tras empatar 0-0 en el partido de ida y 1-1 en el de vuelta, arruinando el primer tricampeonato de los calameños. Llegada la temporada 2009, con el uruguayo Sergio Markarián como entrenador, Universidad de Chile se consagró campeón del Torneo de Apertura, su decimotercer título, después de cinco años de «sequía». Además, mientras ese torneo estaba en desarrollo, también estuvo marcado por la renuncia de Sergio Jadue, como presidente de la ANFP, tras 4 años y medio de gestión, luego de que el polémico dirigente, confirmó su participación en el FIFAgate, por lo que el primer vicepresidente Jaime Baeza, lo reemplazó interinamente en la presidencia de la ANFP y en plenas elecciones, realizadas en enero de 2016, Arturo Salah se convirtió en el nuevo presidente del organismo de Quilín, tras vencer de manera estrecha a Pablo Milad, quien en la actualidad, es el actual presidente del organismo.
Como cierre de la década, el Torneo de Clausura 2009 fue ganado por Colo-Colo, con el argentino Hugo Tocalli en la dirección técnica, que relegó al principal candidato al título, Universidad Católica, que era dirigida por el exjugador del club Marco Antonio Figueroa. En el Apertura 2014, Universidad de Chile se clasificó campeón, tras una cerrada lucha con Colo-Colo y Santiago Wanderers. Además, en ese año y con el argentino Jorge Sampaoli, Universidad de Chile se consagró campeón de la Copa Sudamericana 2011, tras derrotar por 1-0 y por 3-0 a Liga de Quito, y se convirtió en el primer equipo chileno, en conquistar un triplete de títulos oficiales, en una sola temporada. El equipo de El Salvador sentía la presión, porque los cruzados vencían 3-0 a los iquiqueños, y los mineros caían 2-1. Sin embargo, Deportes Iquique le empató 3-3 a los estudiantiles, dándoles esperanzas a los legionarios. Sin embargo, cayó derrotada en Ucrania y empató de forma agónica en Suiza. Sin embargo, contra todo pronóstico, los azules lograron remontar, un 0-2 en el partido de ida y, con destacada actuación de Gustavo Canales, derrotaron por 4-1 a los cruzados.