Joey Barton vuelve a cargar contra el fútbol femenino: «Sois muy lentas y eso no camisetas de futbol 2024 va a cambiar». Hoy en día sigue participando con un equipo de fútbol en el Trofeo Boscos. Es uno de los clubes femeninos más exitosos del país, tras conquistar una Supercopa de España, dos Copas de la Reina y tres Campeonatos de Liga consecutivos (a los que hay que sumar el del equipo femenino predecesor). La superficie de su término municipal tiene una extensión de 277,3 km², limita con ocho municipios de la provincia de Badajoz y uno de la provincia de Cáceres. Nacional nunca se recuperó en el torneo colombiano y quedó fuera de los ocho primeros del Torneo Apertura y en el Finalización fue último de su cuadrangular. No obstante, en la revancha, Atlético Nacional ganaba 5-1, ganando parcialmente el título con el marcador agregado de 5-4, pero faltando tres minutos para el final, el argentino Walter Ribonetto marcó el 5-2 alargando la final a definición por penales.
El segundo encuentro, jugado el 17 de junio, terminó 2-1 a favor del equipo antioqueño con goles del delantero Carmelo Valencia y el volante Diego Toro, obteniendo así el título nacional por novena ocasión. En el torneo apertura de 2005 Nacional clasificó a los cuadrangulares semifinales en el primer lugar con 36 puntos. En 2006 volvió a participar en la Copa Ciudad de Santa Fe, aunque esta vez no obtuvo buenos resultados, terminando en el último lugar de la competición. Nacional llegó hasta octavos de final de la Copa Libertadores, donde fue eliminado a manos de la Liga Deportiva Universitaria de Quito. Para el segundo semestre, Nacional afrontó la Copa Sudamericana eliminando al Universitario de Perú, pero cayendo derrotado frente a Millonarios F. C. de Bogotá. Osasuna cortó esta racha con un empate frente a la Agrupación Deportiva Alcorcón (1-1). En las siguientes cinco jornadas Osasuna alternó derrotas como visitante y empates como local en el Estadio El Sadar y en la jornada 35 el equipo rojillo venció al Albacete Balompié con un (2-1). En la jornada siguiente cayó derrotado ante el Girona F.C.
4 Miguel Borja para sellar el empate agónico y salvar una unidad. Después, en la segunda fase, se enfrentó al Unión Magdalena de Santa Marta, al cual eliminó con un empate 2-2 de visitante y 4-0 en condición de local. Fue tanto el declive, camiseta de fútbol que quedó fuera de los cuadrangulares del torneo local del segundo semestre. En el torneo local llegó a los cuadrangulares, pero quedó tercero en su grupo, cumpliendo una pobre presentación frente a sus rivales Millonarios F. C., Cúcuta Deportivo y el Deportivo Pasto (campeón de ese torneo). No tuvo un buen papel el equipo verdolaga, sin embargo, logró clasificar como segundo del grupo y pasó a los octavos de final frente al Fluminense F. C. de Brasil (equipo que a la postre salió subcampeón), donde caería derrotado en ambos encuentros por 1-2 y 1-0, en Medellín y en Río de Janeiro, respectivamente. Posee exponentes destacados como los grupos fundacionales Los Gatos, Almendra, Manal y Sui Generis, además de Patricio Rey y sus Redonditos de Ricota, Soda Stereo y músicos como Luis Alberto Spinetta, Charly García, Indio Solari y Gustavo Cerati. Para el 2009, en el torneo apertura, se concretaba como nuevo DT Luis Fernando Suárez, el regreso de Aldo Leao Ramírez (después de jugar en México por un año), y jugadores como el brasilero Dermival Almeida Lima más conocido como «Baiano», y Andrés Orozco.
Sin embargo, a mitad de semestre, Carlos Navarrete, llegaba como nuevo técnico nacionalista, tras la dimisión de Santiago Escobar. Ya en el torneo de segundo semestre, Nacional no cumplía muy bien su papel, por lo que salió de su cargo el técnico Carlos Navarrete, reemplazado por Oscar Héctor Quintabani (DT que fue campeón con el Pasto en el torneo pasado). A pesar de haber llegado hasta octavos de final de la Copa Sudamericana y de haberle empatado 3-3 al América de México en los Estados Unidos, en el partido de vuelta Nacional cayó goleado por 1-4 en Medellín y a partir de ahí no volvió a ganar ningún partido en el torneo colombiano y sufrió la llamada «Fiebre amarilla», ya que perdió con todos los equipos cuyo color representativo era el amarillo (como el América de México, Atlético Bucaramanga, Atlético Huila, etc). Es útil para proteger al máximo la portería, reduce al mínimo el número de faltas así como el desgaste físico y permite salir al contraataque muy fácilmente. En 2005, el primer año en que se realizaba la Copa Ciudad de Santa Fe, Atlético Nacional se coronó como campeón.