Argentina fallaría 2 penales, messi inter miami camiseta uno atajado por Claudio Bravo a Ever Banega y en el cuarto lanzamiento chileno Alexis Sánchez anotó el cuarto penal que le dio el triunfo por 4-1 a Chile y se consagraron campeones continentales por primera vez en historia tras 99 años de espera. Jugó ante el primero de titular, el 4 de julio en San Juan, donde Fernández fue figura tras ejecutar un córner que cabeceó Arturo Vidal al minuto 73 para marcar el 2-1 final para Chile. En la tercera fecha nuevamente fue importante en la igualdad 1-1 de local sobre Colombia, ya que desde un tiro libre de costado nuevamente conectó un cabezazo para que Arturo Vidal marcase el 1-0 parcial. En el segundo encuentro, de local frente a Perú, colaboró con una asistencia, a Humberto Suazo en un córner, y un gol que sentenció la victoria chilena luego que su excompañero en Colo-Colo Arturo Vidal hiciera un «globito» sobre un defensa peruano y dejará al 14 mano a mano con el meta peruano para marcar el 2-0 final.
El popular escudo del club aparece en el centro, mientras que el logo de JD Sports destaca en una de las mangas. Al final de aquella campaña, José Altafini y Mario David pasaron a las filas del Napoli y la Sampdoria respectivamente, mientras que Giorgio Ghezzi se retiró del fútbol, después de seis temporadas en el cuadro lombardo. El 8 de octubre de 2018, volvió a ser convocado a La Roja, para los partidos ante Perú y México, tras la lesión del convocado Pedro Pablo Hernández, marcando el regreso de Fernández a la Roja tras 2 años sin ser convocado. Participó y fue pieza clave en el histórico triunfo 2-0 sobre Brasil en el Estadio Nacional Julio Martínez Pradanos por la primera fecha de las Clasificatorias Rusia 2018, ingresando al minuto 63 por un opacó Jorge Valdivia, 9 minutos después al 72 envío un centro al área brasileña tras un tiro libre, que conectó Eduardo Vargas para el 1-0 parcial, finalmente «La Roja» volvía a vencer a la Scratch después de 15 años. En la cuarta fecha ingresó al minuto 65 por Eugenio Mena en la estrepitosa caída 3-0 contra Uruguay en Montevideo, este sería el último encuentro dirigido por Jorge Sampaoli al mando de la selección.
El 31 de mayo de 2015, Jorge Sampaoli lo nominó para la Copa América 2015, celebrada en Chile. Su última nominación por la Selección de Fútbol de Chile se produjo el 17 de octubre de 2018 ganado 1-0 frente a la Selección de Fútbol de México Matías Fernández fue suplente en ese partido jugado en el Estadio Corregidora de Querétaro. El 22 de septiembre de 2011, el entrenador Claudio Borghi entregó la nómina de la selección para enfrentar a Argentina y Perú, por las primeras fechas eliminatorias, con Matías Fernández entre los 26 convocados. Finalmente sellarían su clasificación al Mundial de Sudáfrica venciendo a Colombia en Medellín en la penúltima fecha de las clasificatorias, ganando 4-2. En ese partido, Matías estuvo en cancha solo hasta el minuto 31, siendo reemplazado por Jorge Valdivia, quien fue la figura del encuentro, ya que asistió a Waldo Ponce en el primer gol, anotó el tercero, y asistió a Fabián Orellana en el cuarto, dejando en duda la titularidad de Matías de cara al Mundial.