En 1973 inició sus participaciones en la Liga Peruana de Fútbol, camisetas de futbol replicas En ese mismo año jugó partidos de preparación contra selecciones que buscaban aclimatarse en el Cusco para jugar un partido contra la selección de fútbol de Bolivia estas selecciones eran la selección de fútbol de Argentina y la selección de fútbol de Paraguay los resultados del Cienciano no fueron malos pues ganaron a la selección de fútbol de Paraguay por 2 a 1 y perdieron con la selección de fútbol de Argentina por 1 a 0 con gol de Mario Alberto Kempes esto sirvió a ambas selecciones porque terminaron ganando las 2 selecciones a la boliviana. Su mera existencia se puede considerar como una de las bases del mundo mágico de Ivalice. En el fútbol femenino Brasil también cuenta con una larga trayectoria en donde su selección nacional ganó siete de las ocho ediciones de la Copa América Femenina y salió subcampeón del mundo en 2007. Cuenta futbolistas destacadas tales como Marta, Cristiane o Formiga entre otras.
Desde entonces siempre fue un equipo animador del campeonato, estableciéndose como el mejor equipo del interior del país en varios campeonatos, y como un grande más del fútbol peruano salvo en 1994 y 2010, cuando estuvo a punto de perder la categoría. La selección de fútbol sub-17 de Grecia es el equipo formado por jugadores de nacionalidad griega menores de 17 años de edad, que representa a la Federación Helénica de Fútbol en la Copa del Mundo Sub-17 y en el Europeo Sub-17. Esto además le valió a Cienciano para ser declarado como el mejor equipo del mes del mundo en el mes de diciembre. En el mes de diciembre de 2001, en el estadio de la UNSA (Arequipa) el réferi Ángel Ziani árbitro FIFA. En 2001, año de su centenario, obtuvo su primer título profesional al ganar el Torneo Clausura de ese año en una definición frente al Estudiantes de Medicina con gol del uruguayo Ernesto Zapata. Cienciano cumplía 100 años en 2001, y el club imperial quería hacer historia, como primer paso la directiva presidente Juvenal Silva encargó un diseño especial de la camiseta del centenario, con íconos de la cultura inca y el número 100 resaltado. Sin embargo en 1977 tras perder la categoría en Chincha, frente a Municipal nadie quiso asumir al Cienciano, entonces los profesores del Colegio vuelven a asumir el reto y nombran nuevamente a Waldo Callo como presidente e inician el reto de devolverlo a la profesional.
Desde que en la temporada 1934-35 el club ascendió a Primera División su trayectoria se mantuvo casi inalterable entre los veinte mejores equipos del fútbol español, habiendo conseguido un título de Liga 1945-46 y cuatro subcampeonatos, ocupando el sexto lugar de la clasificación histórica. El 10 de diciembre se jugaría la primera final contra un rival histórico como el River Plate de Argentina, se jugó el partido ida en Buenos Aires en el Estadio Monumental Antonio Vespucio Liberti, Cienciano demostró un gran nivel de juego logrando un empate por 3 a 3, francia camiseta con 2 goles de Portilla y uno de Carty ante 53.296 espectadores. Cienciano fue el justo ganador de ese vibrante compromiso ante un digno rival, tomo la iniciativa desde el pitazo inicial de juego, llegando con claridad sobre la portería de Juan «Chiquito» Flores el único gol lo convirtió el «Coló» Zapata a los 18 minutos del primer tiempo con un gol impecable de cabeza, las pocas ocasiones de gol generadas por Estudiantes de Medicina fueron ahogados por el portero cusqueño. Plantilla campeona de Cienciano: Óscar Ibáñez, Santiago Acasiete, Martín García, Manuel Arboleda, Edwar Torrealva, Orestes Santander, Miguel Mostto, Juan Carlos Bazalar, Germán Carty, Daniel Gamarra, Sergio Ibarra, Jesús Cisneros, Giuliano Portilla, Juan Carlos La Rosa, Alessandro Morán, Juan Péndola, Miguel Llanos, César Balbín, Rodrigo Saraz, Carlos Lobatón, Elexander Araujo, Corsino Gómez, Carlos García, Néstor Candia, Paolo de La Haza.
Plantilla campeona de Cienciano: Óscar Ibáñez, Santiago Acasiete, Martín García, Carlos Maldonado, Carlos Lugo, César Ccahuantico, Abel Lobatón, Juan Carlos Bazalar, Germán Carty, Paolo Maldonado, Ramón Rodríguez, Maurinho Mendoza, Giuliano Portilla, Juan Carlos La Rosa, Alessandro Morán, Julio García, Miguel Llanos, Carlos Ibarra, Rodrigo Saraz, Carlos Lobatón, Elexander Araujo, Roberto Holsen, Carlos García, Néstor Candia, Jean Garrafa. El goleador del certamen fue Germán Carty, camisetas real madrid delantero de Cienciano con 6 goles. Cienciano lograría un empate 1-1 gracias a un autogol de Alex y ganando en Cusco 2-1 con goles de Germán Carty. En este mismo año, Cienciano disputó un partido amistoso con la selección de fútbol de Guatemala donde el Cienciano ganó cómodamente 3 a 0.En la Copa Sudamericana 2004 ocurre un hecho muy curioso, el 24 de agosto de 2004, cuando el árbitro Jorge Hoyos detuvo el cotejo entre Carabobo Fútbol Club y el Cienciano, ya que los uniformes de ambos equipos se asemejaban.