El 27 de julio de 2005 obtuvo el título del Torneo Apertura ganando en la penúltima fecha al Unión Huaral por el marcador de 1-0 con gol anotado por Miguel Mostto, camiseta portugal con 51 puntos en el Apertura obtuvo su segundo título en la primera división del fútbol profesional peruano. Al final, el partido se repuso y los venezolanos fueron derrotados en el Polideportivo Misael Delgado ganando Cienciano 2 a 1, en el partido local Cienciano logra una aplastante victoria a Carabobo Fútbol Club 6 a 1 demostrando así ser uno de los clubes más eficientes del mundo después se enfrentaría con Liga Deportiva Universitaria de Quito con el cual sería eliminado, pero después lograría la recopa sudamericana. Ello le dio el derecho a definir nuevamente un Título Nacional frente a Alianza Lima, campeón del Torneo Apertura. Entre 1950 y 1994, el equipo de balonmano se alzó a nivel nacional con once Ligas, diez Copas y dos Supercopas. En 2011 comenzó con una grata sorpresa para sus hinchas, siendo líder del torneo durante las primeras fechas a pesar de contar con un reducido presupuesto y con prácticamente los mismos jugadores del año anterior a excepción de la contratación de jóvenes valores caso de Juan Araujo y el ascenso al primer equipo de Diego Virrueta y Luis Romero.
Cienciano perdió los dos partidos en la primera fase, el partido de local por goleada (1-5) lo que causó el despido del entrenador de ese entonces, el ecuatoriano Carlos Sevilla Dalgo; y la contratación del uruguayo Carlos Jurado quien repitió lo sucedido en 2001 ganando absolutamente todos sus partidos de local; sin embargo, el torneo Clausura no fue tan bueno terminando quinto en el Clausura, pero aun así lograron clasificarse al play-off contra Sporting Cristal. El partido de ida, jugado en el Garcilaso de la Vega, lo ganó Cienciano 1-0. Sin embargo, el partido de vuelta jugado en Matute lo perdió 3-1, quedándose con el subtítulo por diferencia de goles. Superó la promoción de ascenso frente al Real Betis al vencer por 4-0 en la ida, con dos anotaciones de Rommel -que ese curso hizo veintidós goles-, y perder por 1-0 en la vuelta. El partido fue Alumni frente a Southampton, equipo inglés que realizaba una gira por Buenos Aires. En la última fecha del campeonato, Cienciano se enfrentó a Alianza Atlético en Cusco, frente a más de 35 000 espectadores, partido que ganó por 2-1 y con el cual salvó la categoría. En 2019, Cienciano del Cusco campeonó la Liga 2 logrando ascender a la Primera División tras vencer 4-2 a Santos, quedando primero con 44 puntos en el torneo.
Para 1975 los cuscatlecos se presentaron por primera ocasión a los Juegos Panamericanos, que tuvieron lugar en la Ciudad de México. El siguiente año quedó en 4.to lugar, aunque luego la ADFP-2D le descontó 4 puntos por atrasos que lo ubicó en 6.º lugar. Luego de haber descendido, en la Segunda División 2016, Cienciano terminaría en el 3.er lugar, peleando hasta la última fecha por el ascenso a Primera División. El equipo castellonense terminó la primera vuelta ganando por 5-1 a la Real Sociedad, situándose en quinto puesto con 34 puntos. Fue fundado el 1 de diciembre de 1922 y juega en la Primera División de Uruguay, disputando actualmente su temporada n.º 96 por torneos de AUF. El miércoles 21 de diciembre de 2006, Cienciano se proclamó campeón del Torneo Clausura al derrotar 2-1 a Universitario en el Estadio Mansiche de Trujillo. Adelante, adelante Equipo del Cienciano, ¡ En 2015 sería un pésimo año para Cienciano, ya que además de haber descendido a la Segunda División, su eterno rival (Melgar) se consagraría campeón nacional en el año de su centenario. El Amor de un Cienciano, es Puro como la Nieve. Ese mismo año Cienciano con sus figuras que se mantenían quienes habían sido campeones tanto como la Sudamericana 2003 y la Recopa Sudamericana 2004 como Óscar Ibáñez, Alessandro Morán, Carlos Lugo, Juan Carlos Bazalar, Julio García, Miguel Mostto, Sergio Ibarra, César Ccahuantico, Ramón Rodríguez, Giuliano Portilla entre otros.
Sería campeón de la copa interandina ganando al Once Caldas S.A. quien se había proclamado campeón de la Copa Libertadores 2004, esta copa se disputó entre el campeón de la recopa y el campeón de la Libertadores el partido terminó 2 a 0 con goles de Miguel Mostto y Juan Carlos Bazalar. El 9 de febrero, en el partido ante las Chivas de Guadalajara por la Copa Libertadores 2005, camiseta ronaldo portugal se inauguró en el Estadio Inca Garcilaso de la Vega el ala derecha del mismo. En 2009 decayó su rendimiento, terminando a mitad de tabla del Descentralizado 2009 y sin posibilidad de participar en algún torneo internacional. El 31 de mayo de 2009 se ponía fin a 12 temporadas en el Estadio Olímpico de Montjuïc, tras la marcha del Estadio de Sarriá, con el partido que ganó el R. C. D. Espanyol por 3 goles a 0 ante el Málaga C.F. La selección de España ha disputado 9 encuentros en Canarias, siendo el último partido en 2007 ante Irlanda del Norte. Estas -la IFA de Irlanda del Norte y la FAI del Estado Libre de Irlanda- reclamaron jurisdicción sobre la totalidad de Irlanda y el derecho de seleccionar a jugadores de toda la isla.
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