El filial se llamó Atlético Amorós entre 1994 y 2000 por la vinculación que tuvieron las escuelas de fútbol base del Club durante esos años con el madrileño Colegio Hermanos Amorós y su equipo manchester city camiseta el CD Amorós. El Atlético Bucaramanga debutó en la Copa Libertadores 1998 compartiendo el Grupo 1 con el América de Cali y los equipos ecuatorianos Barcelona Sporting Club de Guayaquil y el Deportivo Quito de la capital del Ecuador. El 4 de marzo, visitó al Deportivo Quito con derrota 1-0, luego de un brillante partido en el que se perdieron muchas opciones de gol. El equipo cerró su ciclo en Ecuador con su visita al Barcelona Sporting Club en un encuentro en el que el fútbol, las ganas, el espectáculo y la imagen la puso el Bucaramanga, pero el que ganó fue el Barcelona 2-0. Después enfrentó tres partidos en condición de local: primero recibió al América de Cali con el cual perdió 0-1 en un partido en el que hubo 19 opciones de gol a favor del «Leopardo»; ubicándose en ese momento en el último lugar del grupo. El cambio surtió un efecto casi inmediato y el equipo mejoró su rendimiento, llegando con opciones de clasificar a las finales en la última fecha, tras dos victorias en Medellín y Tunja.
El equipo tuvo una racha de 14 fechas sin derrotas, la más larga en su historia, y 6 victorias al hilo. Con la incorporación de Dayro Moreno, procedente del fútbol boliviano, el equipo comenzó a ascender en la tabla de posiciones, terminando clasificado en el octavo lugar tras una victoria en Pereira por 3-0. En el cuadrangular final, enfrentó a Nacional, Junior y Millonarios, terminando eliminado con seis puntos, producto de victorias ante Atlético Junior y Millonarios en el Estadio Alfonso López. El Atlético Bucaramanga y el Cúcuta Deportivo disputan el llamado Clásico del oriente colombiano o Clásico del Gran Santander. Si bien el balance favorece al Cúcuta Deportivo, el 20 de diciembre de 2001 en el estadio Pedro de Heredia de Cartagena el Atlético Bucaramanga ganó el clásico más importante de todos los tiempos, al vencer a su rival por penales 5-3 luego de terminar igualados al final de los 90 minutos 0-0. Al final de ese encuentro, Atlético Bucaramanga continuó en la Primera A y Cúcuta Deportivo se resignó a permanecer en la Primera B, en un evento inédito en la historia del fútbol profesional colombiano, pues fue la primera vez en que dos rivales de clásico regional disputaron directamente la posibilidad de evitar el descenso.ese año la dimayor decidió aumentar de 16 a 18 equipos la Categoría Primera A para 2002 realizó un triangular de Ascenso entre los equipos Unión Magdalena, Atlético Bucaramanga y Cúcuta Deportivo.
La mayor goleada a favor del Atlético Bucaramanga en el Alfonso López ocurrió el 24 de julio de 1960, 6-0 (marcaron José Giarrizo en 4 ocasiones y José Américo Montanini en 2), mientras que la mayor goleada ocurrida en el General Santander a favor del «Leopardo» fue el 26 de mayo de 1960 por 5-1 (marcaron Abraham González y Américo Montanini en 2 oportunidades y Marcos Coll en una). Se destaca la goleada en el partido inicial al Real Cartagena 3-0 en el Estadio Alfonso López y el triunfo sobre el América de Cali de visitante por 1-0. La fiesta del regreso a primera fue la noche del 26 de noviembre en el Estadio Alfonso López con la asistencia de 12000 aficionados que en medio de juegos pirotécnicos y bajo la luz de una hermosa luna vieron como el Atlético derrotó a Universitario de Popayán 1-0 con gol de Víctor Zapata. Para el segundo tiempo el equipo salió a buscar el empate decididamente logrando el descuento al minuto 21 por intermedio de Gustavo «misil» Restrepo y al minuto 43 el empate definitivo luego de que Manuel Galarcio concretara de chilena un ataque masivo del Atlético.
Debajo de ellas, en el centro del escudo, está la figura de perfil de un leopardo en color blanco; el cual se apoya sobre una línea «S» de Santander, alargada en color negro y que discurre de derecha a izquierda y de arriba abajo fusionándose con los bordes de la silueta del leopardo. El presidente Juan Carlos Barriocanal decide fichar a un director deportivo, Juan Manuel Barroso, una figura que es un lujo innecesario para esta categoría. En 2015 clasificó a octavos de final en el nuevo formato de cuadrangulares regionales tras ganar el Grupo C en el que enfrentó a Cúcuta Deportivo, Real Santander y Alianza Petrolera pero fue eliminado por Once Caldas en octavos de final, a pesar de tener un gran equipo que consiguió el ascenso a la máxima categoría. Semifinales 4 de febrero de 2022 (15:10h) 9 y 10 de febrero de 2022 4 4 → 2 Formato del sorteo: Sorteo puro, sin restricciones. En 2022 volvería a iniciar en la fase III y, nuevamente, serían eliminados en octavos de final por La Equidad. Dayro Moreno terminó como goleador del Torneo Apertura 2022 con trece goles.
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