La NBA como modelo a seguir fue copiado en mayor o menor medida por muchas ligas del mundo, con mayor o menor grado de exito. Estás despedido». El nuevo entrenador sería Dettmar Cramer, el cual no lograría salvar la temporada en la Bundesliga, pero conseguiría defender el título como campeones de Europa. Tras un flojo campeonato de liga y una nueva derrota contra el Alemannia Aquisgrán, el entrenador Magath fue despedido poco después de la pausa de invierno. Poco más tarde, el Bayern conquistó la Liga de Campeones de la UEFA por cuarta vez después de una brecha de 25 años, derrotando al Valencia en la final en la tanda de penaltis. Estos últimos caerían en la final 2:0 con tantos de Roth y Müller al 71′ y 81′ respectivamente. Ese año en cambio se perdió la final de la Copa de Europa contra el Aston Villa por 0:1. Por otra parte, entre 1966 y 1981 el Bayern colocó a varios de sus jugadores en el galardón del futbolista del año en Alemania hasta un total de once veces: Beckenbauer (4), Maier (3), Müller (2), Rummenigge y Breitner con uno.
Poco después del descanso, Dresde alcanzaría el empate a los 52′ y cuatro minutos después se irían arriba 3:2. Gerd Müller anotaría el empate a los 58′. El Bayern no tendría problemas en llegar a la final tras dejar en el camino al CSKA Sofía en cuartos, y al Újpest Dózsa en semifinales. Después del 1:1 en la ida, Gerd Müller sentenciaría al Madrid con un doblete para ganar 2:0, por lo que el club jugaría su tercera final de manera consecutiva. Otra cara mostraba el Bayern en la Copa de Campeones de Europa 1975-76. En los dieciseisavos de final vencerían con marcador global 1:8 al Jeunesse Esch. Copa de Europa», y anotaría al 57′ el único gol del partido ante el Saint-Étienne para ganar por tercera vez la Copa de Campeones de Europa. El partido se iría a prórroga tras empatar a cero, donde Luis Aragonés le daría el 1:0 al Atlético tras un tiro libre. El partido de vuelta en el estadio Olímpico de Múnich estaba lleno, y Paul Breitner jugaría con la camiseta del Real Madrid.
Antes de comenzar la temporada 2005-06, el Bayern se mudó del estadio Olímpico de Múnich al nuevo Allianz Arena de su propiedad, el cual para entonces compartió con el club 1860 Múnich. En sus inicios el escudo constaba de una bandera de asta dorada que mezclaba -con un diseño de líneas que se entrelazaban- las iniciales del club «FCB». Por lo que, cuando un ejército de reclutadores llegó a su casa para presentarles sus programas, Shaar y Jerrod les pidieron que primero respondieran a una serie de preguntas, como: ¿Qué porcentaje del profesorado de su universidad está formado por negros? El día 31 salió cedido Tunde Akinsola en busca de minutos y el 1 de febrero llegaron Amath Ndiaye que jugó en las categorías inferiores del Real Valladolid y Lucas Oliveira, jugador que fue clave con Paulo Pezzolano para el ascenso a la serie A con el Cruzeiro E. C.. Neudecker, tenemos que cambiar algo», a lo que Neudecker respondió: «Tienes razón. Pál Csernai sustituyó al entrenador Gyula Lorant, mientras que el presidente Neudecker se marchó porque el equipo había rechazado al antiguo «león» Max Merkel como entrenador.
Tras esto hubo una reunión entre Lattek y el presidente Neudecker. El reinado de Hitzfeld acabó en 2004, a causa de esto el Bayern perdió desempeño, incluyendo una derrota en la Copa de Alemania contra el Alemannia Aquisgrán -equipo de la 2. Bundesliga-. En la Copa de Alemania llegaron a semifinales donde cayeron ante el Hamburgo. Junto con Vélez Sársfield y Boca Juniors, son los únicos equipos que lograron conseguir la clasificación a octavos de final de Copa Libertadores con dos fechas de anticipación. En la temporada 1947-48 el equipo fue líder casi toda la segunda vuelta pero justo al final dejó escapar el campeonato al perder en la penúltima jornada frente al Barcelona en Mestalla, y luego los resultados en la última jornada no le fueron favorables. La siguiente temporada se logró un éxito todavía mayor al conquistar su primera Liga, la Liga de 1942 el 22 de marzo en la antepenúltima jornada del campeonato. El tercer título consecutivo de la Bundesliga lo consiguió en 2001, en la última jornada del campeonato. En el campo, Paul Breitner y la joven promesa Karl-Heinz Rummenigge, hicieron que el club fuese llamado como el «FC Breitnigge», ya que ambos condujeron al equipo hacia los títulos de la Bundesliga en 1980 y 1981. En 1982 se jugó la final de copa ante el Núremberg, donde después de ir perdiendo 0:2, el Bayern remontó y acabó ganando por 4:2 -Dieter Hoeneß con la cabeza ensangrentada, y cubriéndose la herida con un vendaje marcó un gol-.