La NBA ya está muy ocupada con sus protocolos de salud y seguridad COVID-19. No todas las voces alrededor de la NBA criticaron a Gobert. En 1906 logró su primer título al vencer a los equipos de Gath & Chaves en las semifinales y final, y se consagró campeón de la Copa El Diario al vencer a Atlanta en la final. En la semifinal del torneo, fue eliminado por la sorpresa del torneo, el Cienciano del Cusco, club que a la postre se alzó con el título de la Copa Sudamericana. En 2002 la Conmebol unificó las copas Merconorte y Mercosur para crear la Copa Sudamericana. A pesar de haber llegado hasta octavos de final de la Copa Sudamericana y de haberle empatado 3-3 al América de México en los Estados Unidos, en el partido de vuelta Nacional cayó goleado por 1-4 en Medellín y a partir de ahí no volvió a ganar ningún partido en el torneo colombiano y sufrió la llamada «Fiebre amarilla», ya que perdió con todos los equipos cuyo color representativo era el amarillo (como el América de México, Atlético Bucaramanga, Atlético Huila, camisetas nba 2024 etc).
En este año Nacional se coronó nuevamente como campeón de la Copa Merconorte, esta vez contra uno de sus rivales, Millonarios F. C. de Bogotá. El primer partido, disputado el 2 de noviembre en el Estadio El Campín de Bogotá, dejó un empate 0-0. El 9 del mismo mes, Nacional le ganó 2-1 a Millonarios F. C. en el Estadio Atanasio Girardot de Medellín, lo que lo dejó como ganador en el resultado global 2-1 por ende campeón del torneo. Nacional llegó a la final contra Junior de Barranquilla. Al mismo tiempo, en el torneo local los resultados no se dieron ya que quedó séptimo de la tabla general, quedándose por fuera del cuadrangular final. Destacan en la historia valencianista los jugadores que más años estuvieron bajo disciplina del club, los valencianos Vicente Asensi, Ricardo Arias, Fernando Gómez y David Albelda con un total de quince temporadas en el primer equipo. La temporada 2020-21 se inicia con la destacada baja de Ante Tomić que ficha por el Club Joventut Badalona tras ocho años en el club azulgrana y el relevo de Svetislav Pešić por Šarūnas Jasikevičius en el banquillo. En su primera temporada ganó la Copa del Rey y la Liga ACB.
En Copa Sudamericana: 4-0 vs. Pese a la debacle en la final de la Copa Sudamericana, Alexis García siguió al mando técnico de Nacional para el año 2003, en el cual el equipo verdolaga no pudo llegar a la final de los torneos Apertura (puesto 14) y Finalización (segundo, pero en los cuadrangulares fue tercero del Grupo B). En el juego de ida en el Estadio Metropolitano, el equipo costeño ganó 3-0, dejando mal parado al equipo verdolaga para el juego de vuelta. Esta fue la tercera vez que el conjunto ‘Verdolaga’ lograba coronarse campeón frente al América de Cali. La semifinal de la copa llevó una vez más al Atlético Nacional a visitar México, pero esta vez a Guadalajara, pues su rival era Chivas de Guadalajara. En 2006 volvió a participar en la Copa Ciudad de Santa Fe, aunque esta vez no obtuvo buenos resultados, terminando en el último lugar de la competición.
Atlético Nacional comenzó el siglo XXI participando en la Copa Libertadores 2000 donde el club colombiano finalizó último del Grupo 4 detrás de River Plate, Atlas de Guadalajara y Universidad de Chile. De esta forma el conjunto paisa se consagró como el único equipo colombiano en vencer a Boca Juniors en «La Bombonera» en partidos oficiales. En el partido de ida, jugado en Buenos Aires, el equipo colombiano se impuso por 0-1 con gol de Edixon Perea. El primer partido en Cali finalizó 1-1 y el segundo partido jugado en Medellín finalizó 0-0. Nacional ganó 4-2 en la definición desde el punto penalti. Nacional quedó sexto del torneo. A los 10 minutos del mismo, el árbitro Aníbal Hay expulsó a Marucci, dejando a Morón con un jugador menos, situación que el «Ciclón» no desaprovechó, ya que minutos después llegó el empate azulgrana mediante la anotación de Jorge Rinaldi. Jorge Rojas y el argentino Hugo Morales.