La nota trascendente al comienzo de la década de 1970 fue la nueva función de Carlos Salvador Bilardo, que fue nombrado director técnico en 1971 y logró evitar un posible descenso de categoría al asumir la conducción del equipo en las jornadas finales del Metropolitano de ese año. Hacia finales de la década de 1950, con excepción del subcampeonato en la Copa Juan Domingo Perón (un certamen de pretemporada de carácter amistoso oficializado por la Asociación del Fútbol Argentino en 2024) y del aceptable desempeño en el Campeonato de 1957, la realidad futbolística de Estudiantes de La Plata estuvo marcada por la irregularidad. El club fue acusado de «boicot» contra la «doctrina justicialista» por mantener ocultos en la sede y no repartir entre sus asociados cerca de dos mil ejemplares de un libro de lectura obligatoria en las escuelas de enseñanza media, «La razón de mi vida», autobiografía de quien, hasta su fallecimiento en 1952, había sido la primera dama, Eva Duarte de Perón. Se convirtió, así, en el primer club argentino en ganar un torneo de Primera División en la era profesional y quebrar la hegemonía de títulos que, hasta ese año y desde 1931, poseían los denominados «cinco grandes» del fútbol nacional: Boca Juniors, River Plate, San Lorenzo, Racing Club e Independiente.
Primera División en el torneo inaugural de la era profesional. En esta temporada, además de lograr una de las mayores goleadas del clásico platense, por 6-1, disputó su primera final oficial de la era profesional, en la Copa de Competencia, en la que se coronó subcampeón al caer, 3-1, con River Plate. En su primera participación en la Copa Libertadores, el equipo de Zubeldía eliminó en la fase inicial a Millonarios y Deportivo Cali, ambos de Colombia; en la segunda ronda, a Independiente y Universitario de Deportes, de Perú; y en semifinales, al campeón Racing Club, al que derrotó luego de un partido de desempate jugado en el Estadio Monumental de River Plate. En 1953, luego de que el club fuera intervenido por los gobiernos nacional y provincial, Estudiantes descendería a la segunda categoría por primera vez en su historia. 33 goles, también se convertiría en el primer goleador de un campeonato de la máxima categoría en la historia de la era profesional. Para el año del centenario del club, 2006, se hizo un diseño conmemorativo que era una réplica del primer uniforme usado por el equipo como CD Guadalajara, con las debidas mejoras tecnológicas en los materiales. Ese triunfo le permitió disputar la Copa Intercontinental con el campeón europeo, a la sazón, el equipo inglés Manchester United.
También en 1969 logró nuevamente la Copa Libertadores de América, tras disputar cuatro partidos por ingresar directamente en semifinales como campeón vigente, jugando la final contra Nacional de Montevideo: el 15 de mayo se desarrolló el partido en el Estadio Centenario de Montevideo, que concluyó con un triunfo de Estudiantes por 1-0, con gol de Eduardo Flores; la vuelta, disputada en el Estadio Jorge Luis Hirschi de La Plata, se jugó el 21 de mayo y finalizó con otro triunfo para Estudiantes, esta vez por 2-0, camiseta de futbol nuevamente con goles de Conigliaro y Flores. La noche de la consagración en Inglaterra, el miércoles 16 de octubre de 1968, el equipo formó con Alberto José Poletti; Oscar Malbernat, Ramón Aguirre Suárez, Raúl Madero, Hugo Medina (expulsado junto al jugador norirlandés, George Best, por agresión mutua, a los 42 minutos del segundo tiempo); Carlos Salvador Bilardo, Carlos Pachamé y Néstor Togneri; Felipe Ribaudo, Marcos Conigliaro y Juan Ramón Verón. Fue un partido muy accidentado y polémico en el que los jugadores Alberto Poletti, Eduardo Luján Manera y Ramón Aguirre Suárez terminaron detenidos en la cárcel de Devoto, ciudad de Buenos Aires, debido a las agresiones que se sucedieron en el campo de juego entre los futbolistas de ambos equipos.
Los primeros calificaron a este Estudiantes como el antifútbol, haciendo referencia a supuestas conductas antideportivas de las que los jugadores de este plantel habrían abusado. Los regresos le dieron un salto de calidad al plantel de Newell’s. La etapa de éxitos deportivos concluiría un año después, en 1971, ya con Miguel Ignomiriello como director técnico del plantel profesional luego del alejamiento de Osvaldo Zubeldía, cuando Estudiantes perdió la final de la Copa Libertadores ante Nacional de Montevideo, luego de un partido final de desempate jugado en el Estadio Nacional de Lima. Los defensores, en cambio, sostienen que esa calificación forma parte de un ataque contra el equipo que rompió una hegemonía de casi 40 años de los «grandes» en el fútbol argentino; y que el plantel no se componía solo de rudos jugadores sino también de habilidosos deportistas. Con este título, Estudiantes se convirtió en el primer equipo en proclamarse campeón de América tres veces consecutivas (Peñarol ya había conquistado tres títulos, pero en forma discontinua, entre 1960 y 1966); y en el primero, luego de acceder a la instancia decisiva también en 1971, en disputar cuatro finales consecutivas de la Copa Libertadores.
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